肃反是在三个错误理论根据下进行的：1．大胆怀疑；2．凑百分比；3．坦白无罪。上面先确定了反革命分子占5％，下面就来凑数字，先作一个框框安上，然后再来找反革命分子。
在肃反中硬要搞一个思想批判，把思想批判和历史问题夹在一起，从思想批判中，左一批判，右一批判，就把反革命分子批评出来了。
群众路线有很大问题，材料都装在党团员的包包内，群众只是摇旗呐喊，临阵助威。批判的方式狂风暴雨，人格侮辱，非常粗暴，造成人人过关，被批判者都被划了一付非常难看的脸谱。
在运动中领导上有些说法实际上起了精神隔离作用。肃反以后党对知识分子更加不相信，肃反以前非党团员还可以作教研组主任，肃反后都被取下来了。周总理关于知识分子问题报告后，有所转变，但转变不大。